Hlasování v referendu o přistoupení České republiky k Evropské unii se v obci Rapotín uskutečnilo dne 13. června 2003 od 14.00 hodin do 22.00 hodin a dne 14. června 2003 od 8.00 hodin do 14.00 hodin ve třech okrscích.Okrsek č. 1 měl určenu pro hlasování místnost jídelny Základní školy Rapotín a byl vyhrazen pro oprávněné občany s adresou místa trvalého pobytu v obci Rapotín - ulice Jesenická (po přejezd), Školní, V Aleji, U Koupaliště, Zámecká, Za Hutí, sídliště. V okrsku č.2 probíhalo hlasování v zasedací místnosti Obecního úřadu Rapotín. Okrsek č. 2 byl určen oprávněným občanům s adresou místa trvalého pobytu v obci Rapotín - ulice Družstevní, Jesenická (od přejezdu), Šumperská (od ul. Rejchartické ve směru na Sobotín), nám. Svobody, Osvobození, Na Soutoku, Pod Bukovou, Požárníků, Lesní, Rejchartická, U Losinky, Za Humny, K Mlýnu, K Desné, Krátká, Farská. Okrsek č. 3 s místností pro hlasování v zasedací místnost VÚCHS Rapotín byl vyhrazen pro oprávněné občany s adresou místa trvalého pobytu v obci Rapotín - ulice Pod Holubím vrchem, Nová, Stará, Vodní, U Lávky, V Lukách, U Splavu, Jižní, Říční, U Pomněnky, Výzkumníků, Polní, Na Výsluní, Šumperská (od ul. Rejchartické směrem na Šumperk), U Cihelny, Nové Domky.

Z výsledků hlasování v referendu o přistoupení ČR k EU v obci Rapotín vyplývá, že valná část hlasovala pro vstup do EU. Celkem se hlasování zúčastnila zhruba polovina občanů.